Depresyonda beyindeki değişiklikler anterior kan akımında ve glukoz metabolizmasında azalma, amigdalada glukoz metabolizmasında artış ile REM uykusunda artış, hiperkortikolizmdir. Bu bozulmalar monoaminerjik transmisyonla ve/veya sonucu ortaya çıkmakta hücre içi mekanizmalarla ilişkili gibi görünmektedir.