Tipik ve atipik antipsikotiklerin karşılaştırılması ya da atipiklerin birbiriyle karşılaştırılması ile ilgili tartışmalar süregiderken, atipik antipsikotiklerin negatif, kognitif ve depresif belirtiler üzerine olan olumlu etkileri ve ekstrapiramidal sistem belirtilerinin, özellikle TD riskinin düşük olması avantajlarıdır. Ancak metabolik yan etkiler, kardiyak sorunlar ise dezavantajlarıdır. Şizofreni tedavisinde bireysel yanıt farklılıkları unutulmamalıdır, her hastanın iyi yanıt vereceği bir antipsikotik olacaktırTedaviye dirençli şizofrenide klozapin halen üstünlüğünü korumaktadır, klozapine dirençli hastalarda antipsikotiklerin kombinasyonu için ise kanıtlar etkin olmadığı doğrultusundadır.